È un fattore in grado di provocare mutazioni, cioè modificazioni irreversibili del patrimonio genetico. Può essere causato dall’esposizione a radiazioni ultraviolette (fattore mutageno fisico), a sostanze chimiche (per esempio, alcuni farmaci antitumorali), oppure da fattori biologici (per esempio, virus). Il potere esercitato è proporzionale alla dose di fattore mutageno venuto a contatto col materiale genetico. I fattori mutageni possono giocare un ruolo anche nel fenomeno della cancerogenesi.